Viceministerio de Asuntos Multilaterales y cooperación del Ministerio de Relaciones Exteriores: Su función es el diálogo político y diseño de políticas de Cooperación. Se ocupará de los aspectos estratégicos de la cooperación y supervisará y coordinar la implementación de las decisiones de tomadas.

Dirección General de Cooperación Internacional: Bajo el Viceministerio además de ser el brazo operativo de esta coordinación, constituye la Secretaría Técnica de todo el Sistema de Cooperación Internacional y es el nexo entre el ámbito de la planificación estratégica y las orientaciones para la acción, a la vez que es el ente coordinador y supervisor de la implementación en los ámbitos operativos.

Comisión Nacional de cooperación internacional. Tiene la función de dar seguimiento al PNC y tomar decisiones sobre su implementación.

Mesas sectoriales: En ellas se debaten las decisiones estratégicas, se definen portafolios de proyectos, entre otros.

Unidad de Cooperación Técnica internacional en instituciones: Responsables de la coordinación de implementación a nivel de cada institución.

Juntas de proyectos: Tienen la responsabilidad de la implementación de los proyectos.